Cюжет Marvel Heroes вращается вокруг небезызвестного Доктора Дума (Dr. Doom), который сумел получить Космический Куб, и одному лишь Богу известно, что Дум планирует сделать с объектом беспрецедентной мощи.

Вторая часть приквела поведает о следующих действия Дума после побега из Здания Бакстер (Baxter Building).