Перед началом игры каждый игрок может выбрать пол и внешность главного персонажа - агента организации S.H.I.E.L.D.. Сюжет игры повествует о событиях, случившихся после таинственного инцидента под названием "Пульс" ("the Pulse"), во время которого на Землю попали осколки инопланетного вещества, известного как "ISO-8". Кристаллы обладают уникальными свойствами, которые увеличивают супер способности. В связи с этим полчища известных злодеев вышли на охоту за волшебными осколками. К счастью, S.H.I.E.L.D. тоже способен использовать эти кристаллы, а это значит, что игроки могут повышать уровень своих агентов по ходу игры, давая им шанс бороться на одном уровне вместе с такими героями, как Железный Человек, Капитан Америка и Халк. Внешность некоторых персонажей будет основана на их образе из кино-фильмов.
 
В игре насчитывается всего 28 играбельнных персонажей (и более 100 NPC), которые будут доступны за определенную сумму очков опыта. Один игрок может послать не более трех бойцов (агента и два героя) на миссию или на противостояние другому игроку. Чем больше опыта он соберет, тем больше оружия, гаджетов и игровой валюты он получит. Также на поле боя доступна система комбо-ударов одного персонажа.

Также игра позволит игрокам "обучать" своих персонажей, вне зависимости от того, играют ими или нет. Пользователь может войти в игру и тут же послать Черную вдову (Black Widow) на обучение, которое займет ровно час. Персонаж недоступен для игры в процессе обучения, но ,когда он завершит тренировку, его навыки повысятся на новый уровень. Нетерпеливые игроки могут воспользоваться системой микроплатежей, чтобы ускорить результаты. То есть, игра является бесплатной, но если вы не способны ждать пока ваш Росомаха станет сильнее, вы можете заплатить за мгновенную прокачку, чтобы усовершенствовать его.